Yhdistys valitsee opistolle johtokunnan valvomaan Opiston toimintaa ja päättämään keskeisistä Opiston toimintaan vaikuttavista asioista.

SYYSKOKOUS (marras-joulukuussa)
Valitsee johtokunnan jäsenet erovuoroisten tilalle
Hyväksyy toimintasuunnitelman
Hyväksyy talousarvion
Päättää sääntömuutoksista

KEVÄTKOKOUS (maalis-huhtikuussa)
Hyväksyy tilinpäätöksen ja päättää vastuuvapaudesta

Yleishallinto
Opiston hallinnon tehtävä on päätöksillä ja linjauksilla luoda edellytykset varsinaisen toiminnan onnistumiselle. Hallinto ja johto kantavat päävastuun toiminnan ja talouden onnistumisesta tai epäonnistumisesta.

Johtokunta
Opiston ylin päättävä elin on yleiskokouksen valitsema johtokunta. Johtokunta pitää keskimäärin 4-5 kokousta vuodessa. Johtokunnan jäsenet vuonna 2009: Aaro Marjakangas (puheenjohtaja), Matti Harju, Matti Ruuttunen, Maija-Liisa Järvi, Riitta-Liisa Kujala, Eero Törmi, Kaisa Liinamaa, Seija Lepola, Kalevi Laurila, Mauri Autio.

Rehtori toimii johtokunnan sihteerinä. Henkilökunta valitsee keskuudestaan edustajan johtokunnan kuultavaksi lukuvuodeksi.

Johtokunnan keskeisiin tehtäviin kuuluvat:
Toistaiseksi voimassaolevien työsuhteiden perustamisesta päättäminen
Opetussuunnitelmien hyväksyminen (syyskuu)
Yleisten kokousten valmistelu
Valvontavastuu, että toiminta on lainmukaista
Keskeisistä investoinneista päättäminen
Työlomien ja opintovapaiden myöntäminen
Rehtorin toiminnan valvonta ja ohjaus

Muu toiminta
Raudaskylän Kristillinen Opisto ry omistaa Raudasmäen Sosiaalipalvelut oy:n, jonka toimintaan kuuluu mm. Lastensuojeluyksiköt Villamiina ja Viljami. Raudaskylän Kristillinen Opisto ry on osakkaana Keskipohjanmaan ammattikorkeakoulu oy:ssä (www.cou.fi). Raudaskylän Kristillinen Opisto ry:llä on johtokunnan valitsema edustaja Keskipohjanmaan ammattikorkeakoulu oy:n hallituksessa.